Khác với các kinh đô chính thống khác ở Việt Nam, kinh đô Hoa Lư có một vai trò lịch sử đặc biệt: là nơi đánh dấu sự ra đời kinh thành Thăng Long - Hà Nội, thủ đô hiện tại của đất nước Việt Nam. Mốc son Lý Thái Tổ dời đô từ Hoa Lư về Thăng Long mà bằng chứng là Chiếu dời đô được xác định là thời điểm khai sinh lịch sử thủ đô mặc dù với việc mở rộng diện tích phần lớn các vùng đất đế đô của Việt Nam có trước Hoa Lư như Mê Linh (Hai Bà Trưng), Long Biên (nhà Tiền Lý), Cổ Loa (nhà Ngô) nay đều thuộc về Hà Nội.

Hoa Lư gắn liền với sự nghiệp của 2 vua đầu triều đại nhà Lý. Vua Lý Thái Tổ được triều đình Hoa Lư tiến cử lên ngôi thay nhà Tiền Lê. Vì thế mà hệ thống chính trị và cơ sở vật chất của kinh thành Thăng Long sau này đều thừa hưởng từ kinh đô Hoa Lư trước đó. Để tưởng niệm công lao đặt nền móng xây dựng độc lập tự chủ của đất nước và nhớ đến Cố đô Hoa Lư, nhà Lý đã xây dựng nhiều công trình kiến trúc giống ở Hoa Lư tại khu vực ở Thăng Long mà chúng vẫn tồn tại đến tận nay như: Ô Cầu Dền, phố Tràng Tiền, phố Cầu Đông, chùa Một Cột, ngã ba Bồ Đề, cống Trẹm, tháp Báo Thiên, phố Đình Ngang...[18][19] Sách Đại Nam nhất thống chí[20] chép: "Đô cũ nhà Đinh, nhà Lê ở xã Trường Yên Thượng và Trường Yên Hạ về phía tây bắc huyện Gia Viễn, có nội thành và ngoại thành, có cửa xây bằng đá, lại có các danh hiệu: cầu Đông, cầu Dền, cầu Muống, Tràng Tiền, chùa Tháp, chùa Nhất Trụ,... nền cũ vẫn còn. Về sau Lý Thái Tổ dời đô đến Thăng Long đều dùng theo các danh hiệu ấy..."